原核轉錄組測序

微生物轉錄組測序技術是一種通過對單菌落微生物轉錄本進行測序,從而獲得轉錄本結構信息和表達信息的單菌研究方法。微生物在特定生境或時期中會表現出基因表達差異性,以此應對環境變化。利用轉錄組測序技術,可以有效地對某一特定時空中的特定樣本的轉錄本信息進行研究,從而找出關鍵功能基因,解答更多微生物功能謎題。

應用領域
1、基因表達量分析
2、差異基因鑒定
3、非編碼RNA鑒定等

技術路線

分析內容
標準信息分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)
1. 對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量reads 的處理
2. 比對參考基因組或參考基因序列
3. 測序與比對評估(數據比對統計,測序飽和度分析,測序隨機性的統計分析)
4. 基因表達統計(基因覆蓋度,表達量,表達量豐度分布)
5. 新基因的轉錄本預測及注釋(需有參考基因組)
6. 樣本關系分析(主成分分析(PCA)、相關性系數熱圖、樣本聚類圖)
7. 差異表達基因分析(兩個或兩個以上樣品) 
    7.1 差異表達基因篩選
    7.2 差異基因散點圖與火山圖
    7.3 差異基因表達模式聚類分析(熱圖)
    7.4 差異基因GO功能顯著性富集分析
    7.5 差異基因Pathway顯著性富集分析 

高級分析(200bp鏈特異性建庫,需要參考基因組)
1. 新轉錄本預測
2. 基因結構分析
3. 非轉錄區域(UTR)分析
4. sRNA分析
5. 反義轉錄本分析

樣品要求
1.濃度≥100ng/μL,總量≥4μg的RNA
2. OD260/ 280介于1.8 ~ 2.2之間,OD260/230≥2.0,RIN值≥6.5,23S:16S≥1.0,確保RNA無降解。

項目周期
標準流程的運轉周期約為50個工作日。

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