Ribo-seq(翻譯組測序)

翻譯組測序是指對與核糖體結合的正在翻譯的RNA片段進行測序,來準確獲取樣本中所有可翻譯分子(包括mRNA和其他潛在可翻譯RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息與精確定量,是連接轉錄組與蛋白質組之間的橋梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一種翻譯組測序技術,該技術利用RNA酶消化細胞中的RNA,得到被核糖體保護的正在翻譯的RNA片段(ribosome footprints, RFs),然后對這些RFs進行富集、測序與分析。翻譯組測序可以研究細胞內基因翻譯的水平、區域、速率等,結合轉錄組、小RNA測序、蛋白組等進行關聯分析,可以更精確地研究轉錄后調控、翻譯調控機制。

應用領域
動植物逆境脅迫下的調控機制
個體發育衰老的分子機制
腫瘤發生發展機制

技術路線

分析內容
1. 標準信息分析

1.1 原始數據過濾與測序質量評估
1.2 比對去除核糖體RNA、tRNA、sRNA等
1.3 Reads長度分布統計與長度過濾
1.4 比對參考基因組
1.5 測序飽和度分析
1.6 RF在基因組上的分布統計與分類
1.7 RF在起始和終止密碼子周邊的分布統計
1.8 RF比對密碼子位置的分布
1.9 翻譯基因統計與表達量分析
1.10 樣本關系分析
1.11 組間差異翻譯基因分析
1.12 差異翻譯基因的GO/Pathway功能富集分析


2. 高級信息分析(與轉錄組關聯分析)
2.1 基因翻譯水平與轉錄水平比較
2.2 翻譯效率計算
2.3 翻譯效率與轉錄水平的關系分析
2.4 差異翻譯效率分析
2.5 基因翻譯效率差異與轉錄差異比較

3. 個性化定制分析
3.1 環狀RNA翻譯分析
3.2 Small ORF(uORF, lncRNA等)翻譯分析
3.3 與蛋白質組的關聯分析(需有蛋白質組數據)
3.4 與miRNA的關聯分析(需有小RNA測序數據)

樣本要求
1)細胞樣本,建議送樣量≥1×106;
2)動物組織樣本,建議送樣量≥50 mg
細胞樣本需用Harringtonine和cycloheximide預處理,再液氮速凍寄送。請聯系基迪奧當地銷售人員。
組織樣本收集后液氮速凍,干冰運輸。

項目運轉周期
標準流程的項目周期約為65個工作日。

參考文獻
Ingolia N T. Ribosome profiling: new views of translation, from single codons to genome scale[J]. Nature Reviews Genetics, 2014, 15(3): 205-213.
Brar G A, Weissman J S. Ribosome profiling reveals the what, when, where and how of protein synthesis[J]. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2015, 16(11): 651-664.
Sendoel A , Dunn J G , Rodriguez E H , et al. Translation from unconventional 5′ start sites drives tumour initiation[J]. Nature, 2017, 541(7638):494-499.

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